सुप्रीम कोर्ट में दायर अपने जवाब में महाराष्ट्र सरकार ने बिहार पर आरोप लगाया है. महाराष्ट्र सरकार ने कहा है कि इस मामले में बिहार सरकार ने नियमों के खिलाफ जाकर काम किया है. बिहार सरकार के पास केवल जीरो FIR दर्ज करने का अधिकार था. उन्हें एफआईआर दर्ज कर हमारे पास भेजना चाहिए था

महाराष्ट्र सरकार ने कहा है कि एफआईआर दर्ज कर बिहार पुलिस ने जांच शुरू कर दी जिसका उन्हें कोई अधिकार नहीं है. जब जांच ही गैरकानूनी है तो बिहार सरकार CBI जांच की अनुशंसा कैसे कर सकती है. केंद्र ने भी सीबीआई जांच की सिफारिश मान कर गलत किया.महाराष्ट्र सरकार ने सुप्रीम कोर्ट में कहा है कि सुशांत सिंह राजपूत की मौत मामले में बिहार सरकार का सीबीआई जांच की सिफारिश करना उचित नहीं था. केंद्र सरकार का बिहार की अनधिकृत सिफारिश मानना केंद्र-राज्य संबंधों की संवैधानिक मर्यादा के खिलाफ है.